Debido a la crítica situación de 11 hospitales del Distrito y al anuncio de la reapertura del hospital San Juan de Dios, La bancada del Movimiento Progresistas y del Partido de la U, realizaron un debate sobre la inviabilidad financiera de los hospitales del Distrito, y de los altos costos que implicarían la posible reapertura del hospital San Juan de Dios.
Entre las causas expresadas por el concejal Cesar Moreno (Progresistas) que explican esta crisis, se destacan la ineficiencia del régimen actual de salud (ley 100) y el retraso o no pago de las EPS a los hospitales del Distrito. Al respecto el Secretario de Salud, Guillermo Alfonso Jaramillo, afirmó que a diciembre de 2011 la cartera con los Hospitales del Distrito ascendía a 272 mil millones de pesos y que las EPS dicen estar al borde de la quiebra para no cumplir con los pagos.
El concejal Moreno, reconoció las medidas tomadas en los últimos meses por el Secretario de Salud, destacando la convocatoria al proceso meritocrático para el nombramiento de gerentes de hospitales del distrito, el visibilizar el problema de salud reclamado acciones del Superintendente Nacional de Salud y el realizar la reducción del personal vinculado por contratos de prestación de servicios para bajar los costos de operación, una medida que fue impopular pero que él considera era inevitable.
Frente al tema de la reapertura del San Juan de Dios, el Secretario de Salud dijo que se van a poner a funcionar 3.600 metros cuadrados y que se va a dar cumplimiento al fallo en segunda instancia del Tribunal Administrativo de Cundinamarca por una acción popular del 19 de Junio del presente año, en el que se establece ordenar al departamento de Cundinamarca y al distrito capital de Bogotá propender por la conservación y cuidado de los monumentos nacionales Hospital San Juan de Dios e instituto Materno Infantil según la competencia asignada por la Constitución Política de Colombia.